MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum/pullorum str. RKS5078 chromosome

Total Repeats: 98135

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016831	AT	3	6	55	60	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016831	CAG	2	6	64	69	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016831	AGAC	2	8	153	160	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_016831	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_016831	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378953805
6	NC_016831	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378953805
7	NC_016831	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016831	T	8	8	303	310	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016831	AAC	2	6	330	335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_016831	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953806
11	NC_016831	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	378953806
12	NC_016831	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378953806
13	NC_016831	GAT	2	6	483	488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953806
14	NC_016831	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	378953806
15	NC_016831	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953806
16	NC_016831	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	378953806
17	NC_016831	GC	3	6	575	580	0 %	0 %	50 %	50 %	378953806
18	NC_016831	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953806
19	NC_016831	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
20	NC_016831	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	378953806
21	NC_016831	GATC	2	8	777	784	25 %	25 %	25 %	25 %	378953806
22	NC_016831	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
23	NC_016831	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
24	NC_016831	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378953806
25	NC_016831	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
26	NC_016831	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
27	NC_016831	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953806
28	NC_016831	GCT	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953806
29	NC_016831	CT	3	6	1105	1110	0 %	50 %	0 %	50 %	378953806
30	NC_016831	TTC	2	6	1127	1132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378953806
31	NC_016831	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953806
32	NC_016831	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378953806
33	NC_016831	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953806
34	NC_016831	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953806
35	NC_016831	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
36	NC_016831	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378953806
37	NC_016831	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378953806
38	NC_016831	TG	3	6	1417	1422	0 %	50 %	50 %	0 %	378953806
39	NC_016831	GC	3	6	1436	1441	0 %	0 %	50 %	50 %	378953806
40	NC_016831	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
41	NC_016831	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953806
42	NC_016831	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378953806
43	NC_016831	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378953806
44	NC_016831	AATATC	2	12	1606	1617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378953806
45	NC_016831	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378953806
46	NC_016831	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378953806
47	NC_016831	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953806
48	NC_016831	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378953806
49	NC_016831	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953806
50	NC_016831	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953806
51	NC_016831	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378953806
52	NC_016831	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953806
53	NC_016831	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378953806
54	NC_016831	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378953806
55	NC_016831	TCG	2	6	2086	2091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953806
56	NC_016831	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378953806
57	NC_016831	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
58	NC_016831	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953806
59	NC_016831	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953806
60	NC_016831	CT	3	6	2254	2259	0 %	50 %	0 %	50 %	378953806
61	NC_016831	TC	3	6	2292	2297	0 %	50 %	0 %	50 %	378953806
62	NC_016831	GC	3	6	2314	2319	0 %	0 %	50 %	50 %	378953806
63	NC_016831	CG	3	6	2345	2350	0 %	0 %	50 %	50 %	378953806
64	NC_016831	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953806
65	NC_016831	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953806
66	NC_016831	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953806
67	NC_016831	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	378953806
68	NC_016831	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378953806
69	NC_016831	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953806
70	NC_016831	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953806
71	NC_016831	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953806
72	NC_016831	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953807
73	NC_016831	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953807
74	NC_016831	A	7	7	3060	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	378953807
75	NC_016831	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953807
76	NC_016831	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953807
77	NC_016831	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	378953807
78	NC_016831	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953807
79	NC_016831	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953807
80	NC_016831	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378953807
81	NC_016831	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378953807
82	NC_016831	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953807
83	NC_016831	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953807
84	NC_016831	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	378953807
85	NC_016831	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953807
86	NC_016831	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953807
87	NC_016831	CG	4	8	3503	3510	0 %	0 %	50 %	50 %	378953807
88	NC_016831	GC	3	6	3558	3563	0 %	0 %	50 %	50 %	378953807
89	NC_016831	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953807
90	NC_016831	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953807
91	NC_016831	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953808
92	NC_016831	T	8	8	3819	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	378953808
93	NC_016831	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953808
94	NC_016831	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378953808
95	NC_016831	CG	3	6	3962	3967	0 %	0 %	50 %	50 %	378953808
96	NC_016831	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953808
97	NC_016831	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953808
98	NC_016831	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	378953808
99	NC_016831	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953808
100	NC_016831	CG	3	6	4206	4211	0 %	0 %	50 %	50 %	378953808
101	NC_016831	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953808
102	NC_016831	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953808
103	NC_016831	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378953808
104	NC_016831	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953808
105	NC_016831	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378953808
106	NC_016831	CTG	2	6	4502	4507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953808
107	NC_016831	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953808
108	NC_016831	GATG	2	8	4633	4640	25 %	25 %	50 %	0 %	378953808
109	NC_016831	CAGC	2	8	4642	4649	25 %	0 %	25 %	50 %	378953808
110	NC_016831	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378953808
111	NC_016831	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953808
112	NC_016831	CTGA	2	8	4700	4707	25 %	25 %	25 %	25 %	378953808
113	NC_016831	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953808
114	NC_016831	ACA	2	6	4741	4746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378953808
115	NC_016831	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953808
116	NC_016831	AAAG	2	8	4880	4887	75 %	0 %	25 %	0 %	378953808
117	NC_016831	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953808
118	NC_016831	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378953808
119	NC_016831	CTGC	2	8	4970	4977	0 %	25 %	25 %	50 %	378953808
120	NC_016831	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378953808
121	NC_016831	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953808
122	NC_016831	GTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016831	TG	3	6	5148	5153	0 %	50 %	50 %	0 %	378953809
124	NC_016831	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378953809
125	NC_016831	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378953809
126	NC_016831	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378953809
127	NC_016831	CG	3	6	5251	5256	0 %	0 %	50 %	50 %	378953809
128	NC_016831	T	6	6	5258	5263	0 %	100 %	0 %	0 %	378953809
129	NC_016831	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378953809
130	NC_016831	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378953809
131	NC_016831	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378953809
132	NC_016831	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378953809
133	NC_016831	CG	3	6	5470	5475	0 %	0 %	50 %	50 %	378953809
134	NC_016831	AG	3	6	5552	5557	50 %	0 %	50 %	0 %	378953809
135	NC_016831	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378953809
136	NC_016831	CAAAAT	2	12	5578	5589	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378953809
137	NC_016831	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953809
138	NC_016831	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953809
139	NC_016831	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378953809
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142	NC_016831	CGC	2	6	5931	5936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_016831	CG	3	6	5971	5976	0 %	0 %	50 %	50 %	378953810
144	NC_016831	ACC	2	6	6096	6101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378953810
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168	NC_016831	TGA	2	6	7428	7433	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_016831	ATG	2	6	7453	7458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
170	NC_016831	CGG	2	6	7505	7510	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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195	NC_016831	AAT	2	6	8722	8727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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201	NC_016831	TGA	2	6	8914	8919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953812
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251	NC_016831	TCGT	2	8	11124	11131	0 %	50 %	25 %	25 %	378953815
252	NC_016831	CGG	2	6	11218	11223	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953815
253	NC_016831	TCTTT	2	10	11323	11332	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
254	NC_016831	TTA	2	6	11333	11338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
255	NC_016831	GTT	2	6	11362	11367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
256	NC_016831	ATTT	2	8	11370	11377	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_016831	TGTT	2	8	11384	11391	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
258	NC_016831	A	6	6	11424	11429	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_016831	T	6	6	11430	11435	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_016831	TGA	2	6	11447	11452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
261	NC_016831	GTG	2	6	11487	11492	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
262	NC_016831	A	8	8	11499	11506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
263	NC_016831	TTA	2	6	11541	11546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_016831	ATG	2	6	11562	11567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
265	NC_016831	ATT	2	6	11603	11608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378953816
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267	NC_016831	ATGG	2	8	11648	11655	25 %	25 %	50 %	0 %	378953816
268	NC_016831	TGGT	2	8	11739	11746	0 %	50 %	50 %	0 %	378953816
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392	NC_016831	GCG	2	6	17103	17108	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378953822
393	NC_016831	T	7	7	17129	17135	0 %	100 %	0 %	0 %	378953822
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397	NC_016831	GAT	2	6	17363	17368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378953822
398	NC_016831	TAA	2	6	17404	17409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378953822
399	NC_016831	TATTG	2	10	17578	17587	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
400	NC_016831	ATT	2	6	17614	17619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
401	NC_016831	GTT	2	6	17706	17711	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
402	NC_016831	GTT	2	6	17730	17735	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
403	NC_016831	ATC	2	6	17759	17764	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
404	NC_016831	GAT	2	6	17771	17776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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496	NC_016831	CGA	2	6	22321	22326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
497	NC_016831	TGGC	2	8	22390	22397	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
498	NC_016831	CGG	2	6	22422	22427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
499	NC_016831	TGC	2	6	22434	22439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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